Su organización estuvo a cargo de la Asociación Central de Fútbol de Chile y contó con la participación de diez equipos, futbol camisetas todos de Santiago. Es decir, que tan solo tres, la UD Granadilla, de Tenerife, el Sporting de Huelva y el Madrid CFF, para quien aún no esté familiarizado, Club de Fútbol Femenino, no forman parte de LaLiga, la asociación deportiva de carácter privado, responsable de la organización de las competiciones futbolísticas de carácter profesional y ámbito nacional en España. El club responde solicitando amparo a la asociación ProLiga, de la cual es miembro. En la campaña 2008-09 el Rayo Cantabria pasó por una de sus peores etapas económicas, llevando a su presidente a plantear la disolución del club, cuestión que se resuelve gracias a la intervención de un antiguo jugador del Rayo Cantabria (Juan Luis Salas) que como miembro de la junta directiva de la O.I.D. La campaña 2008-09 terminó en 15.ª posición, logrando la permanencia en la penúltima jornada en su retorno a Tercera.
El 15.º puesto conllevaba la disputa de la promoción de permanencia en una liguilla con el 16.º clasificado (Rayo Cantabria) y con equipos de Primera Regional de Cantabria (Santoña), Guipúzcoa (Mondragón), Navarra (Peña Sport) y Vizcaya (Portugalete); el cuarto puesto logrado en la liguilla significó el descenso a Regional. El campo fue inaugurado por exjugadores del Rayo Cantabria y exjugadores del Racing de Santander, entre los que se encontraban Chus Abad, Rafa Sanz, Vicky, Diego Martín-Abad, Roncal, Juan Fernández, Juan Luis Salas, etc. Al acabar la campaña 1992-93 el Racing se vio obligado por ley a cambiar el nombre de su equipo filial, la SD Rayo Cantabria de 1926, a Racing B. Ante esta eventualidad dirigentes del Rayo Cantabria decidieron fundar una nueva sociedad, la Agrupación Deportiva Cantabria, con el objetivo de que no se perdiera el histórico nombre Rayo Cantabria; para ello el nuevo club comenzó a competir con la denominación deportiva Rayo Cantabria o Deportivo Rayo Cantabria en Primera Regional, desvinculado del Racing.
Dichos colores no cambiaron con su acuerdo de filialidad y cambio de nombre a Juventud Real Santander, manteniendo la camiseta blanquiazul con pantalón negro. El Juventud RS, como filial racinguista, disputó sus encuentros como local en los Campos de Sport de El Sardinero, con capacidad en aquella época para 21800 espectadores (4800 sentados). El Unión Juventud Cantabria (bajo esa denominación y como Unión Juventud Sport), como club independiente, utilizó los colores azul y blanco, a rayas verticales, en su uniforme. Al final de la temporada 2017-18 la federación cántabra anuncia que excluye al Rayo Cantabria de todas las competiciones oficiales, alegando que no ha hecho frente a las deudas contraídas con sus jugadores. Mayor victoria fuera de casa (Tercera División): 2-4, al Rayo Cantabria y 0-2, al Naval de Reinosa. El Rayo Cantabria pasó jugar en el nuevo campo municipal de San Román de la Llanilla, compartiéndolo con el Juventud Atlético San Román y el Independiente.
En el campeonato de 2003, el Club Atlético Peñarol se consagró campeón luego de ganar el Torneo Clausura, y vencer en semifinales a Nacional, campeón del Torneo Apertura, por 1-0 sin necesidad de disputar finales por la ventaja de la tabla acumulada del equipo carbonero. El equipo se quedó a un solo gol de ascender, y también a un solo gol de disputar la final de Copa, cayendo en semifinales contra el Valencia C. F., que a la postre se proclamó campeón del torneo. En la Clasificación de UEFA para la Copa Mundial de Fútbol de 1982, Dinamarca terminó con 8 puntos, logrando 4 victorias (incluyendo una victoria por 3-1 ante el eventual campeón del mundo Italia), pero Dinamarca finalmente no se clasificó para la final del torneo a pesar del resultado impresionante. El 8 de mayo de 2014 el entrenador de la selección sur coreana, Hong Myung-bo, anunció la lista oficial de 23 jugadores convocados para asistir al mundial. Cuando todo apuntada a que sería en el Mundial de 1958 de Suecia cuando les llegaría por fin su primer campeonato, la historia de nuevo truncaría la ilusión. Esta es la denominación que hizo famoso al Rayo Cantabria en toda España, como escudero, mosquetero o Delfín del Real Racing Club, por la cantidad de jugadores de renombre que le regaló a lo largo de toda su historia.